Les grades sont quasi-similaires à ceux du Shinsengumi :
Officiers (=Commandants):
Ils dirigent des unités d'hommes.
Sous-officiers (=Caporaux):
Deux hommes par unité, chargés de veiller à ce que les ordres soient éxécutés.
Shinobis :
Les guerriers-ninjas dont le rôle est détaillé dans la rubrique Shinsengumi.
Assassins :
Après avoir acquérri un bon niveau en tant que Shinobi, vous pouvez devenir assassin et donc (logique) vous faire commander un assassinat parmis les dirigeants...etc...C'est un grade intermédiaire entre samourai et shinobi, ils sont généralement neutres mais ils peuvent toutefois appartenir à l'un des deux clans.
Soldats :
Dix hommes par unité.
Attention :
Si vous voulez acquérir un meilleur niveau de combat, il vous faudra monter en grade et obtenir de meilleures armes que celles en votre possession. Si vous êtes un simple Soldat, il est bien évident que vous ne serez pas en mesure de gagner un combat contre un Officier par exemple.